当公司怀疑员工存在不当行为时，应当采取合法合规的措施来处理问题。以下是处理此类问题的几个步骤：
迅速搜集与固定证据，包括交易记录、沟通记录、合同文件等。
确保证据真实、完整，并能清晰反映员工的涉嫌违法行为。
启动内部调查程序，对涉嫌拿回扣的员工进行核实。
确保调查过程公正、透明，并保护员工隐私。
如果调查证实员工确实存在不当行为，要求员工立即返还违法所得。
建立健全的监管机制，如使用安企神等软件进行文件加密、行为审计等。
如果怀疑内容涉及到违法犯罪行为，如盗窃、侵占公司财产等，可在咨询专业法律意见后考虑报案。
在处理过程中，应尊重员工的权利，如提供病假证明、安排复查等。
如果公司单方面解除劳动关系，且没有充分证据证明员工行为不当，可能需要支付经济赔偿金。
员工可以通过劳动仲裁和劳动诉讼来维护自己的权益。
请记住，任何处理措施都应基于事实和法律依据，避免滥用公共资源。同时，确保处理过程公正、透明，并尊重员工的基本权利。
