保密协议通常需要加盖公司公章或合同专用章，以证明协议的有效性。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同可以由当事人签字或盖章生效。因此，无论是使用公司公章还是合同专用章，只要符合法律要求，均不影响保密协议的效力。
需要注意的是，保密协议中应包含保密信息、责任人、保密期限、义务以及违约后果等细则，以确保双方权益。
