农村合作医疗的报销流程通常包括以下几个步骤：
在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构就诊，可以直接刷卡报销。
在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院时直接刷卡报销。
在市外二级及以上公立医疗机构住院，应在出院后三个月内，携带医药费用原始发票、住院医药费用汇总明细清单、出院小结、医疗卡、户口本、门诊病历、经办人身份证等相关材料到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。
特殊病种门诊报销：
持二级及以上定点医疗机构出具的病历及相关检查报告资料以及《新农合特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，门诊医药费用可列入报销范围。
出院后需提交意外伤害原因证明和医院病案记录，经过审核后，报销款项会打到指定银行账户。
县级以下定点医疗机构合作医疗窗口根据审核意见，向申请人支付应报销的医药费用。
请注意，报销比例和条件可能因地区而异，具体报销比例和流程建议咨询当地新农合管理机构或医保窗口。
