工程合同的入账流程一般包括以下几个步骤：
与施工单位签订正式的施工合同，明确双方的权利和义务。
在合同签订后，按照合同约定，向施工单位支付一定比例的预付款。
编制记账凭证，借记“预付账款”科目，贷记“银行存款”科目。
在施工过程中，根据施工进度和质量，按照合同约定支付进度款。
编制相应的记账凭证，借记“在建工程”科目，贷记“预付账款”或“银行存款”科目。
工程完工后，进行结算，支付剩余款项。
编制记账凭证，借记“在建工程”科目，贷记“银行存款”科目。
根据工程结算书，结清所有款项，编制相应的记账凭证，借记“在建工程”科目，贷记“银行存款”科目。
财务部门根据支付凭证，在会计系统中进行入账处理。
所有相关文件和凭证进行归档，以备日后查证。
具体会计分录示例：
借：预付账款
贷：银行存款
借：在建工程
贷：预付账款（或银行存款）
借：在建工程
贷：银行存款
借：工程结算
贷：在建工程
当工程达到合同约定的收款条件，且确认收到款项时：
借：银行存款
