农田整理主要归 自然资源部和农业农村部管理。具体来说：
自然资源部负责全国土地的管理和监督工作。
自然资源部内设的土地整治中心或相关处室具体负责土地整治项目的实施和管理。
农业农村部整合了原农业部的职责，包括农业投资项目、农业综合开发项目、农田整治项目等。
农业农村部下属的农村集体经济组织负责具体的农田整治工作，如田、水、路、林、村的综合整治。
建议
在实际工作中，农田整理项目可能涉及多个部门的协作，建议地方各级政府和相关部门明确职责，加强沟通，确保项目顺利实施。
